Kementerian agama sempat mendirian lembaga kajian gender di litbang kementerian agama. Hal tersebut digagas oleh Musdah Mulya. Kapuslitbang Bimas Agama dan Layanan Keagamaan, Adlin Sila menjelaskan, jika saat itu pihaknya dilindungi oleh impress sehingga tidak hanya di lingkungan kementerian agama saja. Melainkan di kementerian dan lembaga lainnya terdapat pokja pengarusutamaan gender.
”Output kita adalah struktural, harus mengubah ketimpangan structural di birokrasi. Tidak boleh hanya berhenti di wacana dan harus menjadi bagian dari struktur dan menjadi akselerasi gender equality,” terangnya.
Terdapat masalah lainnya yang saat ini terjadi di lingkungan kementerian agama terdapat beberapa masalah. Salah satunya, mulai menyebarkan ideologi transnasional memaruki ASN melalui pengajian kementerian dan lembaga. Pihaknya juga membenarkan informasi yang diungkap oleh Ning Inayah yang menyebukan orang-orang yang memiliki ideology transnasional sangat cerdas.
Lalu, yang menjadi DKM masjid di lingkungan kementerian merupakan pensiunan di lingkungan lembaga tersebut. Biasanya pensiunan ini tidak memiliki latarbelakang agama yang bagus, sehingga mereka merekrut anak muda yang punya militansi untuk menjadi marbot.
”saat ini, pihak kementerian agama baru saja melaunching No Radikal di lingkungan ASN melalui aplikasi ini. Setelah HTI dibubarkan ideology khilafah hilang, malahan HTI semakin tidak terkendali. Bahkan menjadi organisasi tanpa bentuk dan membuat kesulitan,” terangnya.
Melawan radikalisasi diungkap olehnya tidak boleh dengan cara yang sama. Pihaknya telah membuat moderasi beragama. Pada saat kementerian agama dipimpin oleh Lukman Hakim telah menggagas hal ini. Pemerintah dituntut menjadi moderat terlebih dahulu. Sehingga, moderasi agama ini hanya menyasar ekstrem kanan, tapi juga ekstrem kiri juga. Semakin perlakukan secara keras, ini pertanda ideology yang diyakini benar.
”Kita tidak boleh menjadi pemain dari permainan mereka. Saya setuju dengan Ning Inayah dengan mencoba membuka wawasan mereka dengan membuka wawasan yang lain. Kita mencoba untuk tidak mengulangi orde baru untuk menangani kelompok ekstremisme,” pungkasnya.